南京农业大学农学院是我国创立最早的农学系科之一，与南京农业大学历史同源，可溯源至1902年三江师范学堂农学博物科和1914年金陵大学农学本科。中央大学农学院前身可追溯为三江师范学堂农学博物科、南京高等师范学校农业专修科（1917年）、国立东南大学农艺系(1921年)、国立中央大学农学院农作物门（1927年）、农艺垦殖科（1929年），1932年恢复农艺系，南京大学农学院农艺系；金陵大学前身为1914年私立金陵大学农学本科，1926年成立农艺系和1951年的公立金陵大学农艺系。1952年，中央教育部召开全国农学院院长会议，做出调整全国高等农业院校的决定，会议上决定成立南京农学院，主要由金陵大学农学院、南京大学农学院和浙江大学农学院部分系科合并，其农学系为农学院前身；1971年，根据江苏省革委会意见，随南京农学院搬迁至扬州与苏北农学院合并成立江苏农学院设农学系；1979年，根据中央办公厅“关于南京农学院复校问题”的电报指示，随南京农学院迁回南京；1984年，学校更名，前身为南京农业大学农学系；2000年9月，根据学校教学机构调整要求，农学系更名组建农学院。