发布人:     发布日期: 2020-11-19    浏览次数:

甘祥超, 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/生物信息中心高层次引进人才，教授，博士生导师。

联系方式

地址：实验三楼407, 电话：025-84395544, email: gan(_at_)njau.edu.cn

团队在计算机科学与技术（人工智能学院）、植物表型组学工学方向（前沿交叉研究院）招收硕士和博士研究生。欢迎计算机科学与技术、人工智能、统计学、生物信息等相关背景的学生报考。常年招收以上背景的博士后。

工作经历

2021.1 - 至今          教授，博士生导师   南京农业大学

2013.6 - 2020.12   独立PI  德国马普植物育种研究所

2009.1 - 2013.6     遗传学统计师  牛津大学惠尔康人类遗传研究中心&牛津大学植物学系

2007.1 - 2009.1     博士后  伦敦国王大学计算机系

教育经历

2001.9 - 2006.7   博士 香港城市大学 信息工程  导师: 严洪教授

1998.9 - 2001.7   硕士 西安交通大学 信息工程  导师: 谈正教授

1994.9 - 1998.7   本科 南京邮电大学 信息工程

科研方向

基因组组学及关联分析（GWAS）

人工智能及模式识别在生物信息学中的应用

计算机视觉

多组学分析

生物信息学算法开发

a) GALA(https://github.com/ganlab/gala),无缺失染色体级别基因组组装软件

b) 网络资源及数据库(http://chi.mpipz.mpg.de)

c) GEAN (https://github.com/baoxingsong/GEAN),自然种群中基因突变序列分析及释软件

d) IRISAS(https://github.com/baoxingsong/Irisas),用于关联分析的,集成化的基因突变分析及注释软件

e) BAMLINK(http://chi.mpipz.mpg.de/bamlink),无参考序列基因组组装及拼接软件

f) IMR-DENOM(http://chi.mpipz.mpg.de/imrdenom),基于NGS短序列数据的基因组分析软件

科研成果

美国专利

1. Gan, X., Liew, A.W.C., and Yan, H. (2010). Representation and Extraction of Bicluster from Data Arrays. US Patent US7849088, granted on Dec 7, 2010.

代表性论文

1. Li, Y., Gan, X.* (2023) An integrated fast Hough transform for multidimensional data. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. DOI:10.1109/TPAMI.2023.3269202

2. Awad M., Gan, X.* (2023) GALA: a computational framework for de novo chromosome-by-chromosome assembly with long reads. Nature Communications. DOI:10.1038/s41467-022-35670-y

3. Song, B., Mott R., Gan, X.* (2018) Recovery of novel association loci in Arabidopsis thaliana and Drosophila melanogaster through leveraging INDELs association and integrated burden test. PLOS Genetics. 14(10): e1007699 

4. Gan, X.*, Hay A., Kwantes, M., Harberer, G., Hallab, A., Dello Ioio, R., Hofhuis, H., Pieper, B., Cartolano, M., Neumann, U.,  Nikolov, L. A.,  Song, B., Hajheidari, M., Briskine, R., Kougioumoutzi, E., Vlad, D., Broholm, S., Hein, J.,  Meksem, K.,  Lightfoot, D., Shimizu, K. K., Shimizu-Inatsugi, R., Imprialou, M.,  Kudrna, D., Wing, R., Sato, S., Huijser, P., Filatov, D., Mayer, K. F. X., Mott, R., Tsiantis, M. (2016) The Cardamine hirsuta genome highlights the pervasive role of transcription factors and tandem gene duplications in generating morphological diversity. Nature Plants, 2(11)

5. The 1001 Genomes Consortium. (2016). 1,135 Genomes Reveal the Global Pattern of Polymorphism in Arabidopsis thaliana. Cell 166, 481-91.

6. CONVERGE Consortium. (2015). Sparse whole-genome sequencing identifies two loci for major depressive disorder. Nature 523, 588-91.

7. Gan, X., Stegle, O., Behr, J., Steffen, J.G., Drewe, P., Hildebrand, K.L., Lyngsoe, R., Schultheiss, S.J., Osborne, E.J., Sreedharan, V.T., Kahles, A., Bohnert, R., Jean, G., Derwent, P., Kersey, P., Belfield, E.J., Harberd, N.P., Kemen, E., Toomajian, C., Kover, P.X., Clark, R.M., Ratsch, G., and Mott, R. (2011). Multiple Reference Genomes and Transcriptomes for Arabidopsis Thaliana. Nature 477, 419-423.